本科生6000元/學年，長學制學生本科階段按本科生標準收取，進入二級學科階段按照當年同類研究生學費標準收取；
住宿費1200元/學年。

北京大學醫(yī)學部的前身是國立北京醫(yī)學專門學校，創(chuàng)建于1912年10月26日，是中國政府依靠自己的力量開辦的第一所專門傳授西方醫(yī)學的國立醫(yī)學校。
1903年，清朝政府在京師大學堂設立醫(yī)學實業(yè)館，1904年，醫(yī)學實業(yè)館改稱醫(yī)學館，遷入北京和門外八角琉璃井由興勝寺廟宇改建的館舍，1907年停辦。1910年，此館舍被施醫(yī)總局（當時的衛(wèi)生部門）買去，為日后創(chuàng)立國立北京醫(yī)學專門學校提供了條件。

1911年，辛亥革命推翻了清王朝，建立了中華民國，在當時的中國知識分子向西方學習的風潮下，西醫(yī)在中國的地位，有了明顯的變化。一批從海外留學回來的醫(yī)學教育家立志通過發(fā)展醫(yī)學事業(yè)，增強人民的體質(zhì)，以洗刷長期壓在中國人頭上的“東亞病夫”的恥辱。1912年9月，中華民國教育部電召從日本留學歸來正在籌建浙江省立醫(yī)學專門學校的杭州人湯爾和到京，籌劃創(chuàng)立醫(yī)學校事宜。教育部以價銀10，000兩購買了已經(jīng)停辦的醫(yī)學館館舍，劃撥給國立北京醫(yī)學專門學校使用，10月16日，中華民國教育部任命組織學教授湯爾和先生為北京醫(yī)學專門學校校長，并于10月26日頒發(fā)校章。至此，中國第一所國立西醫(yī)學校正式誕生。當時教職工9人，首批學生72人。湯爾和在開學典禮上以“促進社會文化，促進文明，減少人們痛苦，用學術來和列強競爭”，定位學校之辦學目的。湯爾和在建校后當年，根據(jù)醫(yī)學教育的需要，結合中國國情制定了中國的《解剖條例》，多次呈文教育部請求公布，于1913年11月獲準公布，這是中國第一個解剖法令，是北京醫(yī)學專門學校對中國醫(yī)學教育的一大貢獻，使中國的醫(yī)學發(fā)展真正建立在科學的基礎上。1915年2月，學校診察所正式開業(yè)。1923年9月，國立北京醫(yī)學專門學校奉命改建為國立北京醫(yī)科大學校，并首次將醫(yī)學生學制設為六年制。1927年北京醫(yī)科大學校與北京所有國立高等學校被改組，合并成立國立京師大學校，成為京師大學校的一個科，更名為國立京師大學校醫(yī)科。同年，學校附設的診察所擴充為學校附屬醫(yī)院。1928年11月，京師大學校改組為國立北大學，醫(yī)科改為醫(yī)學院，成為北大學醫(yī)學院。1929年，根據(jù)北大學的《組織規(guī)程》，規(guī)定醫(yī)學院以研究高深學術，培養(yǎng)醫(yī)學專門人才為宗旨。1931年，建立我國醫(yī)學校中第一個法醫(yī)教研室。1937年抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)后，國立北大學西遷，部分醫(yī)學院師生一同西遷。留在北京的醫(yī)學院院務完全停頓，1938年1月，當時的教育部將原北京大學和北大學合并辦起“國立北京大學”，醫(yī)學院為下設的六個學院之一。5月復課，并接收燕京大學和協(xié)和醫(yī)學院師生繼續(xù)學院的教學。1945年12月北京各公立大學被統(tǒng)一編為“北臨時大學補班”，北大學醫(yī)學院被編為“臨時大學補班第六分班”。1946年7月，北京大學在北復校。北臨時大學補班第六分班連同附屬醫(yī)院一同并入北京大學，成為北京大學醫(yī)學院。院長先后為解剖學教授馬文昭先生、生理學教授沈鈞淇先生和皮膚科學教授胡傳揆先生。胡傳揆教授同時任醫(yī)學院附屬醫(yī)院（亦稱北大醫(yī)院）院長。從此，學校作為北京大學的一部分，開始了新的歷程。

1952年，全國高等學校院系調(diào)整，北京大學醫(yī)學院脫離北京大學，獨立建院并更名為北京醫(yī)學院，院長為胡傳揆教授。直屬中央衛(wèi)生部領導，辦學經(jīng)費由中央財政部轉(zhuǎn)中央衛(wèi)生部撥付。北醫(yī)校址遷至今日的北京市海淀區(qū)學院路38號，由此，醫(yī)學院開始了較大的發(fā)展。
1959年北醫(yī)被國家確定為全國十六所重點院校之一。1984經(jīng)國務院批準，在全國重點建設10所大學，北京醫(yī)學院是唯一所醫(yī)科學校，院長為醫(yī)學教育專家馬旭研究員。
1985年學校更名為北京醫(yī)科大學，運動醫(yī)學專家曲綿域教授任校長。
進入20世紀90年代中期，中國政府確立了教育發(fā)展改革綱要，明確提出“211工程”，即重點建設若干所大學，使之接或達到或超過世界一流水。1996年8月28日，北京醫(yī)科大學正式通過了國家首批“211工程”建設項目的論證，再次成為中國政府重點支持的醫(yī)科大學。從1991年至2000年4月，校長為血液病學專家王德炳教授。2000年4月3日，北京醫(yī)科大學與北京大學正式合并，組建新的北京大學。2000年5月4日，北京醫(yī)科大學正式更名為北京大學醫(yī)學部，中國科學院院士、病理生理專家韓啟德教授出任北京大學常務副校長并兼任醫(yī)學部的主任。2003年，腫瘤分子生物學專家柯楊教授任北京大學醫(yī)學部常務副主任至今。