關于新農合的報銷制度，全國沒有統一的規定，各地根據自己的實際情況有不同的規定。以北京市海淀區為例看一下相關規定。
(一)普通參合人員醫療費用報銷政策。年度內多次住院，首次住院醫療費用超出起付線者，再次住院發生費用累計計算，按規定進行補償。因病住院經批準轉院連續住院治療的，其住院的醫藥費用累計計算，按規定進行報銷，每月結報一次。惡性腫瘤進行放、化療、腎透析，肝、腎移植(或肝腎聯合移植)術后服用抗排異藥及兒童再生障礙性貧血和血友病所發生的特殊病種門診費用，每月結報一次。年度內多次門診，門診累積醫療費用超出起付線者，按規定進行報銷，具體報銷時限由各鄉鎮自行制定。
鎮(鄉)新型農村合作醫療經辦機構每月的1日至20日內向海淀區新型農村合作醫療管理中心申請復審結算。對于當年12月份發生的醫療費用單據應最遲在次年1月20日前向海淀區新型農村合作醫療管理中心進行申請復審結算。跨年度連續住院的費用，當年12月31日以前含(31日)發生的住院醫療費用和自下一年起發生的住院醫療費用分別進行結算。根據各年度實際繳費情況予以補償。對于跨年度結算的一次住院費用只計算一次起起付線。
(二)兩類特殊人群住院醫療費用補償政策和流程。(1)參合農民參加其他商業醫療保險，如先由商業醫療保險按照其標準支付補償款的，參合患者須向鎮(鄉)合管辦提供商業保險分割單和住院醫療費用全部票據復印件進行報銷。若先由新型農村合作醫療報銷的，由新農合出具費用分割單，再到商業醫療保險公司報銷。新型農村合作醫療補償款和商業醫療保險補償款總額不應超過所發生住院醫療總費用。(2)參加新農合的優撫對象，首先由民政局按照有關政策進行報銷，參合患者須向鎮(鄉)合管辦提供民政局出具的優撫對象新型農村合作醫療報銷介紹信，新型農村合作醫療對優撫對象經民政局報銷后的剩余金額部門按照新農合標準進行報銷。
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