南方醫科大學比較好的專業有：
擁有3個國家重點學科（人體解剖與組織胚胎學、內科學（消化系病）、中西醫結合臨床），2個國家重點培育學科（病理學與病理生理學外科學（骨外）），5個國家中醫藥重點學科（中醫內科腎病學、中藥制劑學、中醫內科腦病學、中藥藥理學，中醫痹病學）。擁有10個廣東省重點學科，1個教育部工程研究中心，1個教育部工程技術中心建設項目，2個省部共建重點實驗室，13個廣東省重點實驗室，4個廣東省教育廳重點實驗室。國家重點學科分別布局在3個一級學科，省級重點學科覆蓋24個二、三級學科。開設了26個本科專業，其中6個國家特色專業，6個廣東省名牌專業。
學科建設：學科覆蓋醫學、理學、工學、文學、管理學、法學、經濟學等7大學科門類。現有10個博士學位授權一級學科，6個博士后流動站，其中醫學類博士學位授權一級學科數居廣東省首位，在全國醫科院校中排名第二。擁有5個國家重點及培育學科，臨床醫學、藥理與毒理學進入ESI全球前1%學科行列。
人才培養：學校是國家13所試辦八年制醫學教育的高等院校之一，也是唯一一所開設八年制醫學教育的獨立醫科院校，全國首批“卓越醫生教育培養”試點高校，與20個國家和地區的51所大學、科研機構建立了友好合作關系。建校以來，先后為國家和軍隊培養各類醫學人才6萬多名，涌現了以兩院院士、全國大學生年度人物、全國“十大法治人物”為代表的一大批先進典型。
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